Rencontres du Végétal

Contexte

Dans un contexte de transition agroécologique, de réduction des intrants et d’intensification des programmes de recherche en santé des plantes, un enjeu majeur reste sous-estimé : la fiabilité des ressources biologiques mobilisées en développement méthodologique, en expérimentation ou encore en projets de recherche (académiques ou appliqués). La variabilité génétique des souches de bioagresseurs, l’évolution épidémiologique d’une espèce de bioagresseur, la perte de virulence au cours du temps, la pureté d’une souche, peuvent compromettre la mise au point expérimentale, la fiabilité et la reproductibilité des résultats. Elles limitent également l’acquisition de connaissances, la robustesse des avancées scientifiques et le déploiement de nouvelles méthodes et solutions de lutte contre les bioagresseurs.
Face à ces défis, l’accès aux ressources caractérisées, traçables et biologiquement validées constitue un facteur clé de réussite et de validation des essais méthodologiques et expérimentaux.
Pour répondre à ces enjeux, le GEVES, Laboratoire National de Référence en Semences & Plants et en Santé des végétaux, met à disposition une collection de micro-organismes issus de ses activités d’expertise : l’évaluation de la qualité sanitaire des semences, la résistance variétale, et l’efficacité des produits de traitement (ex : Biocontrôle). Cette collection riche de bactéries, champignons, nématodes, virus couvre près de 350 couples bioagresseur/espèce variétale (légumières, céréales, légumineuses, oléagineuses, protéagineuses). Elle est certes une ressource interne (témoin d’analyses, inoculum d’expérimentation et d’évaluation) mais est aussi conçue comme une infrastructure ouverte à toute la communauté travaillant en santé végétale (organismes de recherche, instituts techniques, sélectionneurs, …).

Objectif

L’objectif de proposer une grande diversité de ressources biologiques fiables est de répondre aux différents enjeux et problématiques en santé des plantes.

Démarche

Pour ce faire, la gestion de la collection repose sur une approche complète allant de l’interception de souche à la mise en conservation, la caractérisation, la validation biologique et la distribution.
La collection est enrichie en continu par l’interception de nouvelles souches issues d’analyses, de prélèvements sur le terrain ou de collaborations. Les souches sont ensuite conservées selon des protocoles adaptés garantissant leur viabilité, leur pouvoir pathogène et leur stabilité dans le temps. De plus, la traçabilité de ces ressources est assurée par une base de données enrichie tout au long de leur cycle de vie au sein de la collection. Les bioagresseurs sont également décrits suivant plusieurs niveaux de caractérisation : identification taxonomique, caractères phénotypiques, biochimiques et données moléculaires lorsqu’elles sont disponibles. Cela permet de disposer d’un socle solide pour l’utilisation scientifique des souches. Enfin, un point clé de la collection repose sur le contrôle régulier du pouvoir pathogène sur plantes hôtes afin de garantir la pertinence biologique des ressources proposées.

Résultats

Au-delà de l’utilisation quotidienne de ce matériel de référence dans les analyses du GEVES, l’usage de la collection comme ressources biologiques, dans de nombreux partenariats et projets, montrent l’intérêt et le levier de cette collection.
Par exemple, la diversité des souches de Trichoderma sp., isolées de semences et caractérisées dans le projet TrichoSEED, vise à évaluer leur intérêt potentiel en biocontrôle pour lutter contre les bioagresseurs responsables de la fonte de semis. La collection est également exploitée lors de la mise au point de méthodes internationales officielles de détection de pathogènes, comme pour le champignon Ascochyta rabiei sur pois-chiche (projet CASDAR AsCoLup) ayant abouti à une méthode ISTA. Le projet SeqDetectVeg (CASDAR) se focalise sur la détection multicibles d’agents pathogènes (bactéries, champignons) par séquençage NGS.
Enfin, disposer de souches de référence permet de gagner en efficacité, rapidité, précision sur les analyses quotidiennes.

Perspectives

La collection du GEVES, au-delà de son rôle en interne, a vocation à devenir un outil structurant pour la recherche et l’innovation en santé des plantes et de l’environnement, au service de systèmes agricoles durables et performants.
À terme, le développement de la collection passera par l’augmentation de sa diversité et des pathosystèmes disponibles, l’enrichissement des données associées et la consolidation de son rôle au service de la santé des plantes.
Dans cette envie d’ouverture, la Collection de Matériel de Référence en phytopathologie du GEVES souhaite renforcer ses interactions avec la communauté scientifique et les partenaires techniques afin de construire et soutenir les projets en santé des plantes et environnement.